호주 Southern Cross 대학 식물분자육종 센터의 연구팀은 보리의 염기서열에서 단일 뉴클레오타이드 다형성을 탐지할 수 있는 PCR 기본 분자 마커를 개발한 결과를 'TAG' 최신호에 게재했다.

그동안 단일 뉴클레오타이드 다형성(single nucleotide polymorphism, SNPs)을 탐지하기 위한 수많은 방법들이 시도되어 왔는데, 일반적으로 이러한 방법들은 아주 특별한 장비나 과정을 필요로 하는 단점을 가지고 있다. 그런데, 대립형질 특이적 중합효소연쇄반응(allele-specific polymerase chain reaction, AS-PCR)의 경우 특별한 장비가 필요하지 않은 반면에 AS-PCR 마커의 신뢰도는 높지 못한 것이 일반적인 통념이었다.

이러한 실정에서 본 연구 결과는 AS-PCR의 방법도 상당히 안정적인 마커 테크닉인 것을 입증하였다. 연구팀은 allele-특이적 프라이머와 함께 두 개의 근접 지역 프라이머(flanking-primers)를 조합하여 모두 세 개의 프라이머를 사용하는 AS-PCR을 시도하였다. 그리고 목적 유전자는 보리(Hordeum vulgare L.)의 31개 유전자에서 내부 다양성을 지니는 SNP 영역 49개를 가지고 실험을 수행했다.

이들 SNP 영역은 공공 데이터베이스로부터 보리 EST들을 확보하여 얼라인먼트를 통해 탐색되었고, 이들 EST들은 RFLP 마커로서 보리 유전자 지도 상에 위치되었다.

본 연구를 위해 두 가지 접근법이 수행되었는데, 첫 번째는 SNP 영역에 대한 마커 개발의 성공률을 극대화시키기 위한 ?